Daktaras archeologas Daniel Jackson išsifruoja 8 simbolių seka kuri leidžia nukeliauti į Pegaso galaktiką į senai dingusį Atlantidos miestą. Nukeliavus tenai majoras Jon'as Shepard'as gelbėdamas savo draugus prikelia Šmėklų rasę kuri sugebėjo nugalėti Lantaniečius. Nuotykiai prasideda ir Jon'as Shepard'as su nedidele komanda ieško sąjungininkų prieš šmėklas.